1.大致工作流程
（1）index.php 作为前端控制器，初始化运行ci所需要的基本资源
（2） route 检查http请求，以确定谁来处理请求
（3）如果缓存文件存在，他将绕过通常的系统执行程序，被直接发送给浏览器
（4）安全，应用程序控制器装载之前，http请求和任何用户提交的数据将被过滤
（5）控制器装载模型 核心库 辅助函数 以及任何处理特定请求所需要的其他资源
（6）最终视图渲染发送到web浏览器中的内容。如果开启缓存，视图首先被缓存。
2.详细逻辑
（1）index.php
定义使用环境（ENVIRONMENT），框架路径（system_path,BASEPATH）,应用目录（application_folder）,应用路径（APPPATH）等，加载（require）CI核心文件
（2）BASEPATH/core/CodeIgniter.php
系统初始化文件，整个框架最核心的部分，在此加载（load）了一系列的base class，并且执行这次请求
（3）BASEPATH/core/Common.php
common 文件包含一系列的基础和公共函数，供全局使用，例如load_class(),get_config()等
（4）BASEPATH/core/Benchmark
这是一个基准测试类 默认标注了应用哥哥阶段的执行点，1以得到其执行时间，也允许你自己定义监测点
（5）BASEPATH/core/Hooks.php
CI_Hooks是一个钩子类，是框架进行扩展的核心，能够在程序允许的哥哥阶段插入挂钩点，执行你自定义的类，函数等
（6）BASEPATH/core/Config.php
配置文件管理类，加载读取或设置配置
（7）BASEPATH/core/URI.php
URI类帮助你解析请求的uri，并提供分割uri的函数集合，供Router类使用
(8) BASEPATH/core/Router.php
路由类，即通过请求的uri，和用户配置的路由(APPPATH/config/routes.php)，将用户请求分发到指定的处理函数中(通常来说是某一个Controller实例中某一action函数)
(9) BASEPATH/core/Output.php, BASEPATH/core/Input.php输入类，即处理请求的输入参数，提供安全的获取方式。输出类将最后的执行结果发送出去，它还负责缓存的功能
(10) BASEPATH/core/Controller.php控制器基类，用单例模式对外提供实例，整个应用程序的心脏。它是一个Super Object，在应用内加载的类都可以成为控制器的成员变量，这一点非常重要，会在之后继续讲到。
(11) APPPATH/controllers/$RTR->fetch_directory().$RTR->fetch_class().’.php’通过路由功能，得到控制器名，实例化真正的控制器类（子类）
(12) BASEPATH/core/Loader.phpCI_Loader用于加载应用程序中的各种类库，模型，视图，数据库，文件等，并设置成为控制器的成员变量
(13) call_user_func_array 调用处理函数通过路由，得到action函数名，调用 Controller->action()函数，处理应用逻辑，实际业务处理逻辑便是在action函数中写的
(14) $OUT->_display() 将内容输出
以上便是整个应用程序最基础的处理流程。下面选取核心内容代码再进行说明，以加强对CI的理解：
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<?php
//*BASEPATH/system/core/Common.php
    //引导文件中Benchmark,Hooks,Config等都是通过这个函数进行加载的
    function &load_class($class, $directory = 'libraries', $prefix = 'CI_')
    {
        //记录加载过的类
        static $_classes = array();
 
        // 已经加载过，直接读取并返回
        if (isset($_classes[$class]))
        {
            return $_classes[$class];
        }
 
        $name = FALSE;
 
        // 在指定目录寻找要加载的类
        foreach (array(APPPATH, BASEPATH) as $path)
        {
            if (file_exists($path.$directory.'/'.$class.'.php'))
            {
                $name = $prefix.$class;
 
                if (class_exists($name) === FALSE)
                {
                    require($path.$directory.'/'.$class.'.php');
                }
 
                break;
            }
        }
 
        // 没有找到
        if ($name === FALSE)
        {
            exit('Unable to locate the specified class: '.$class.'.php');
        }
 
        // 追踪记录下刚才加载的类，is_loaded()函数在下面
        is_loaded($class);
 
        $_classes[$class] = new $name();
        return $_classes[$class];
    }
    // 记录已经加载过的类。函数返回所有加载过的类
    function &is_loaded($class = '')
    {
        static $_is_loaded = array();
 
        if ($class != '')
        {
            $_is_loaded[strtolower($class)] = $class;
        }
 
        return $_is_loaded;
    }
 
//*BASEPATH/system/core/Controller.php
class CI_Controller {
 
    private static $instance;
 
    public function __construct()
    {
        self::$instance =& $this;
         
        //将所有在引导文件中(CodeIgniter.php)初始化的类对象(即刚才4,5,6,7,8,9等步骤)，
        //注册成为控制器类的成员变量，就使得这个控制器成为一个超级对象(super object)
        foreach (is_loaded() as $var => $class)
        {
            $this->$var =& load_class($class);
        }
<span style="white-space:pre">        </span>//加载Loader对象，再利用Loader对象对程序内一系列资源进行加载<span style="white-space:pre">  </span>
        $this->load =& load_class('Loader', 'core');
 
        $this->load->initialize();
         
        log_message('debug', "Controller Class Initialized");
    }
 
    //这个函数对外提供了控制器的单一实例
    public static function &get_instance()
    {
        return self::$instance;
    }
}
 
 
//*BASEPATH/system/core/CodeIgniter.php
    // Load the base controller class
    require BASEPATH.'core/Controller.php';
 
    //通过这个全局函数就得到了控制器的实例，得到了这个超级对象，
    //意味着在程序其他地方调用这个函数，就能得到整个框架的控制权
    function &get_instance()
    {
        return CI_Controller::get_instance();
    }
 
    // 加载对应的控制器类
    // 注意：Router类会自动使用 router->_validate_request() 验证控制器路径
    if ( ! file_exists(APPPATH.'controllers/'.$RTR->fetch_directory().$RTR->fetch_class().'.php'))
    {
        show_error('Unable to load your default controller. Please make sure the controller specified in your Routes.php file is valid.');
    }
 
    include(APPPATH.'controllers/'.$RTR->fetch_directory().$RTR->fetch_class().'.php');
 
    $class = $RTR->fetch_class(); //Controller class name
    $method = $RTR->fetch_method(); //action name
 
    //.....
 
    // 调用请求的函数
    // uri中除了class/function之外的段也会被传递给调用的函数
    call_user_func_array(array(&$CI, $method), array_slice($URI->rsegments, 2));
 
    //输出最终的内容到浏览器
    if ($EXT->_call_hook('display_override') === FALSE)
    {
        $OUT->_display();
    }
     
 
//*BASEPATH/system/core/Loader.php
    //看一个Loader类加载model的例子。这里只列出了部分代码
    public function model($model, $name = '', $db_conn = FALSE)
    {
        $CI =& get_instance();
        if (isset($CI->$name))
        {
            show_error('The model name you are loading is the name of a resource that is already being used: '.$name);
        }
 
        $model = strtolower($model);
 
        //依次根据model类的path进行匹配，如果找到了就加载
        foreach ($this->_ci_model_paths as $mod_path)
        {
            if ( ! file_exists($mod_path.'models/'.$path.$model.'.php'))
            {
                continue;
            }
 
            if ($db_conn !== FALSE AND ! class_exists('CI_DB'))
            {
                if ($db_conn === TRUE)
                {
                    $db_conn = '';
                }
 
                $CI->load->database($db_conn, FALSE, TRUE);
            }
 
            if ( ! class_exists('CI_Model'))
            {
                load_class('Model', 'core');
            }
 
            require_once($mod_path.'models/'.$path.$model.'.php');
 
            $model = ucfirst($model);
 
            //这里依然将model对象注册成控制器类的成员变量。Loader在加载其他资源的时候也会这么做
            $CI->$name = new $model();
 
            $this->_ci_models[] = $name;
            return;
        }
 
        // couldn't find the model
        show_error('Unable to locate the model you have specified: '.$model);
    }
 
//*BASEPATH/system/core/Model.php
    //__get()是一个魔术方法，当读取一个未定义的变量的值时就会被调用
    //如下是Model基类对__get()函数的一个实现，使得在Model类内，可以像直接在控制器类内一样(例如$this->var的方式)去读取它的变量
    function __get($key)
    {
        $CI =& get_instance();
        return $CI->$key;
    }